Trudniejszym szczeblem do pokonania w trakcie kształcenia wyższego jest wykonanie pracy doktorskiej. Można ją realizować dopiero po uzyskaniu tytułu magistra, a więc po obronie prac magisterskich. Do napisania pracy doktorskiej magister musi posiadać znacznie większe umiejętności i zakres posiadanej wiedzy.
Jest to już typowa praca naukowa, w której podejmuje się ciekawe, nowatorskie rozwiązania. Magister, przeprowadzając własne doświadczenia nad badanym problemem dokonuje w ich toku własnych stwierdzeń i odkryć. Musi potwierdzić je i udokumentować dowodami, których dostarczają przeprowadzone przez niego badania.
Zatem prace doktorskie, z jednej strony podobne do prac magisterskich, z drugiej zaś wymagają dużo większej dojrzałości i praktyki w danej dziedzinie. Pisanie prac naukowych wiąże się często z pasją w danym kierunku i zdolnościami odkrywczymi. Prace magisterskie również mogą mieć taki charakter, ale przedstawiany problem prowadzi głownie do udoskonalenia metody jego rozwiązania.
Podczas obrony pracy doktorskiej magistrowie muszą być bardzo dobrze przygotowani również w zakresie teoretycznym ze swojej dyscypliny. Mogą otrzymywać bardzo szczegółowe pytania, dotyczące nie tylko ich pracy naukowej, ale także dziedzin pokrewnych, tym bardziej, że obrona doktorska ma charakter publiczny.